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Préface

Le 16 mars 2020, Emmanuel Macron s’adresse avec gravité aux Français. Si le chef de l’État ne prononce pas le mot « confinement », il décide, « après avoir consulté, écouté les experts, le terrain et en conscience », pour les deux semaines suivantes, de « renforcer encore les mesures pour réduire nos déplacements et nos contacts au strict nécessaire ». Ces quinze jours dureront plus d’un an. Car si la France est sortie officiellement de son premier confinement – elle ignorait qu’il y en aurait d’autres – le 11 mai suivant, les restrictions n’ont en réalité jamais cessé. La faute à un virus responsable d’une « pneumonie » atypique, détecté pour la première fois en décembre 2019 sur un marché de Wuhan, capitale de la province chinoise du Hubei.

Le SARS-CoV-2, c’est son nom, est responsable d’une maladie baptisée Covid-19 par l’Organisation mondiale de la santé (l’OMS). Extrêmement contagieux, ce virus conquiert rapidement la planète, paralyse les échanges et bloque l’économie mondiale. À la fin de l’été 2021, il aurait déjà causé la mort de 6 à 8 millions d’individus dans le monde, selon l’OMS, et occasionné encore plus de victimes indirectes. En France, plus de 120 000 personnes en sont mortes, et plus de 15 millions de personnes ont été probablement contaminées.

Les origines de cette catastrophe restent mystérieuses. Si dans un premier temps le pangolin, un petit mammifère insectivore couvert d’écailles, a fait figure de coupable désigné, deux théories continuent de s’opposer. Celle d’une fuite accidentelle de laboratoire, ou bien celle d’une contamination décuplée en raison d’élevages d’animaux. Pour de nombreux scientifiques, la piste animale reste privilégiée, mais force est de constater que la Chine ne fait pas preuve de bonne volonté pour lever le mystère. Au nom du refus de toute ingérence, Pékin garde secrètes de nombreuses informations réclamées par les chercheurs. Ce mutisme est d’autant plus inexplicable que cette crise a bouleversé les pratiques scientifiques. Jamais un virus n’avait été à ce point scruté, analysé, décortiqué. Jamais les travaux des chercheurs n’avaient été mis en ligne gratuitement et en un temps record.

Finalement, le SARS-CoV-2 est un virus pas si différent des autres. Mais sa force réside dans sa vitesse de propagation. Si la plupart des contaminés se remettent de l’infection, 20 % d’entre eux subissent de graves complications, qui déstabilisent les systèmes de soins. Faute de traitement, les gouvernements n’ont eu d’autre solution que de tout arrêter – économie, transports, système éducatif – pour stopper les contaminations. Le problème, c’est que lorsqu’on bloque artificiellement un virus, il suffit de lâcher la bride pour que l’épidémie reparte. C’est exactement ce qui s’est passé à l’automne 2020. Fort heureusement, l’arrivée très rapide de vaccins extrêmement efficaces a permis d’envisager une sortie de crise.

J’ai suivi cette pandémie depuis son émergence, en tant que journaliste au sein du service « Science et Médecine » du Figaro. Du jour au lendemain, ce service habitué à une page quotidienne s’est retrouvé propulsé à la « une » du journal. Au fur et à mesure de l’évolution de la pandémie, nous n’avons cessé de soulever de nouvelles questions. La Chine a-t-elle menti ? Devait-on maintenir le premier tour des municipales en mars ? La recherche française a-t-elle été dépassée ? Cette pandémie a-t-elle bouleversé notre rapport à la mort ? Les nouveaux variants sont-ils plus dangereux ? Vont-ils rendre caducs les vaccins ? Quel est l’avenir du SARS-CoV-2 ? Les réponses ne sont jamais simples, et elles peuvent évoluer dans le temps. Pourtant, près de deux ans après le début de la pandémie – une des plus grandes catastrophes sanitaires que le monde ait connues depuis plus d’un siècle –, des certitudes semblent se décanter. C’est à l’aune des connaissances patiemment acquises par les chercheurs et les médecins que cet ouvrage s’efforce de répondre aux questions que tous les Français se posent.

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Le pangolin est-il coupable ?

« Le pangolin est un animal solitaire, qui ne vit exclusivement qu’à l’état sauvage. Ayant peu d’interactions avec ses congénères, il n’est pas le candidat idéal pour démarrer une épidémie. »

Meriadeg Le Gouil,
écologue et virologue à l’université de Caen

Le – ou la – Covid-19, pour : « coronavirus disease 2019 ». Si c’est en 2020 que cette nouvelle maladie aura paralysé l’ensemble de la planète, c’est bien à la fin de l’année 2019 que ses premières victimes ont été repérées sur un marché aux animaux à Wuhan1, dans le centre de la Chine. Le 12 décembre 2019, les responsables de la santé chinois enquêtent sur les patients atteints de pneumonie virale. Ils découvrent que la plupart des malades sont atteints par un nouveau coronavirus qu’ils baptiseront SARS-CoV-2. Tous ont en commun la fréquentation du marché de Huanan Seafood, réputé pour le commerce de volailles, chauves-souris, serpents et autres animaux sauvages. Depuis, le séquençage génétique2 du virus a montré que celui-ci circulait au moins depuis le mois de novembre.

Les coronavirus sont des virus à couronne : une boule avec plein de pics. S’ils existent depuis des centaines de millions d’années, c’est en 1930, aux États-Unis, que la première maladie due à un coronavirus est observée – chez des volailles. Avant l’émergence du SARS-CoV-2 – qui provoque le Covid-19 –, on en répertorie six chez l’homme. Quatre circulent de manière saisonnière, la plupart du temps pour des pathologies bénignes telles que le rhume. En 2002, un nouveau coronavirus apparaît en Asie, le SARS-CoV. Contrairement à ses prédécesseurs, il est agressif. Il infecte 8 096 personnes dans une trentaine de pays, causant 774 décès. En 2012, un sixième coronavirus fait son apparition, le MERS-CoV. Lui aussi est particulièrement dangereux : près de 2 000 cas ont été signalés, pour 600 décès. À chaque fois, le virus a été transmis à l’homme par l’intermédiaire d’animaux. La civette, ce petit mammifère prisé dans les assiettes et pour sa fourrure, pour le SARS-CoV, et le dromadaire pour le MERS-CoV. Pour le SARS-CoV-2, très rapidement, le pangolin a fait figure de suspect numéro un. Petit mammifère à écailles originaire d’Afrique et d’Asie du Sud-Est, cet animal regroupe huit espèces (quatre africaines et quatre asiatiques), certaines classées comme vulnérables ou en danger, voire en danger critique d’extinction, par l’Union internationale pour la conservation de la nature.

L’animal est très apprécié des Asiatiques pour sa capacité supposée à stimuler la virilité. Impossible à élever en captivité en raison notamment de son mode d’alimentation (fourmis et termites), il est l’animal le plus braconné au monde. On notera qu’en 2019 un autre coronavirus avait été découvert chez des pangolins malades saisis par les autorités douanières de la province du Guangdong. Ce virus, tout comme le SARS-CoV-2, présentait à sa surface des « spicules », les pics qui forment la couronne du coronavirus. Ils sont presque identiques à ceux du SARS-CoV-2 humain. Dans cette hypothèse, le pangolin ne serait pas le premier maillon de la chaîne, il aurait seulement servi d’hôte intermédiaire.

Les coronavirus prospèrent en effet chez un autre mammifère : la chauve-souris. « Le séquençage ADN montre très clairement le lien de parenté entre un coronavirus de chauve-souris, le RaTG13, apparu dans une mine non loin de Wuhan, et le SARS-CoV-2 », explique Jean-Claude Manuguerra, chef de la cellule d’intervention biologique d’urgence à l’Institut Pasteur. Le RaTG13 a été prélevé en 2013 sur une chauve-souris insectivore dans la province du Yunnan, à près de 2 000 kilomètres au sud-ouest de Wuhan. « Eu égard au nombre d’espèces, les chauves-souris ne représentent pas une plus grande réserve de virus que d’autres animaux, précise Christian Vincenot, professeur à l’université de Kyoto. Dotées d’un système immunitaire très résistant, elles ne sont pas tuées par leurs hôtes, lesquels survivent plus longtemps. Mais si elles subissent un gros stress environnemental, par exemple la destruction de leurs habitats, elles sécrètent plus de charge virale et sont plus contagieuses. »

Reste qu’une transmission directe de la chauve-souris à l’homme n’est pas l’hypothèse la plus probable, car il faut des contacts rapprochés, nombreux et fréquents, pour qu’un virus effectue un saut d’espèce. Cependant, en 2012, des mineurs qui travaillent dans la mine de Mojiang, où ont été repérées les chauves-souris porteuses du RaTG13, tombent malades. Ils souffrent d’une infection pulmonaire, dont les symptômes font rétrospectivement penser au Covid-19. Il semble donc que la contamination directe du RaTG13 de la chauve-souris vers l’homme soit possible.

En fait, la contamination d’une espèce par une autre espèce est une loterie. Les virus, comme tous les organismes vivants, évoluent. Au moment de se répliquer, des mutations se produisent, la plupart du temps sans conséquence. Mais il arrive que celles-ci facilitent l’adaptation d’un virus à l’organisme d’un autre être vivant, surtout si les animaux vivent dans la promiscuité. Avec l’hôte intermédiaire, « on est sur un schéma de contamination déjà rencontré avec le SARS-CoV et le MERS, explique Jean-Claude Manuguerra, de l’Institut Pasteur. Ces virus sont des champions de l’évolution. À chaque fois qu’ils se multiplient, la réplication de leur génome donne lieu à de petites mutations qui constituent autant de probabilités pour eux de s’adapter à un nouvel environnement ».

L’histoire semble donc limpide. On imagine aisément des chauves-souris et des pangolins entassés dans les cages des arrière-boutiques du marché de Wuhan. Le pangolin, contaminé par une chauve-souris, sera consommé et contaminera par la même occasion celui qui le dévorera. Pourtant, plusieurs éléments probants font douter de la fiabilité de ce scénario. La proximité génétique entre le virus identifié sur un pangolin et le SARS-CoV-2 ne serait finalement pas si forte que ça. « On retrouve des points communs seulement au niveau de “spicules”, observe Meriadeg Le Gouil. C’est un élément important, car c’est ce qui permet au virus d’entrer dans les cellules, mais pas suffisant pour affirmer que ces deux virus ont une origine proche commune. » De plus, 60 % des premières infections seulement sont directement liées au marché de Wuhan. Enfin, le schéma de la transmission du virus n’est pas le plus crédible. Les échanges doivent être fréquents et prolongés pour assurer le passage d’une espèce à l’autre. Le virus doit pouvoir contaminer d’autres individus pour prospérer au sein d’un nouvel environnement. « Le pangolin est un animal solitaire, qui ne vit exclusivement qu’à l’état sauvage, explique Meriadeg Le Gouil. Ayant peu d’interactions avec ses congénères, il n’est pas le candidat idéal pour démarrer une épidémie. »

Le laboratoire de virologie P4 de Wuhan, construit dans le cadre d’un accord de coopération franco-chinois, sur le modèle du laboratoire P4 Jean-Mérieux de Lyon, a pu faire figure de suspect. Ce site de très haute sécurité biologique est en effet dédié à l’étude de virus pathogènes inconnus et pour lesquels il n’existe pas de vaccin. L’opacité régnant autour de cette activité ne facilite pas la recherche de la vérité, d’autant que la Chine invoque sa souveraineté pour refuser une enquête indépendante. Sans aller jusqu’à évoquer un virus recombiné par la main de l’homme (ce qui est totalement exclu par les données génétiques), peut-on tout de même envisager que le SARS-CoV-2 ait contaminé un des scientifiques du laboratoire, qui serait ainsi à l’origine de l’épidémie ? « L’hypothèse est plausible, mais très peu crédible, juge Jean-Claude Manuguerra. Il y a déjà eu des épidémies liées à des fuites de laboratoire, ce fut le cas en 1977 en Russie, où le virus d’un vaccin s’était échappé. Cependant, les quantités ne sont, ici, pas comparables avec les virus conservés dans un laboratoire P4. Le niveau de sécurisation y est très élevé et il paraît compliqué qu’un scientifique se contamine. En outre, la quantité de souches virales ne permettrait pas de faire démarrer une épidémie. »

Généralement, une épidémie ne démarre pas avec une seule contamination, contrairement à un feu de forêt qui n’a besoin que d’une étincelle pour s’enflammer. La plupart du temps, plusieurs contagions passent inaperçues et s’arrêtent d’elles-mêmes avant que la situation ne s’embrase. Le séquençage ADN du SARS-CoV-2 permet d’ailleurs d’envisager de premières contaminations dès le mois de novembre 2019, soit plus d’un mois avant les alertes des autorités chinoises.

« Il semble plus facile de faire naître une épidémie dans un laboratoire que dans des conditions naturelles. C’est pourtant faux, souligne Meriadeg Le Gouil. La destruction de l’habitat des animaux crée des conditions bien plus favorables au démarrage d’une pandémie que les activités de recherche sur les agents infectieux. » La piste animale reste donc la plus crédible.

Le RaTG13 (issu d’un prélèvement effectué en 2013 !) de la chauve-souris n’est pas l’ancêtre direct du SARS-CoV-2, mais il participe avec quelques autres virus « proches » au mélange à l’origine de l’ancêtre du SARS-CoV-2, qui a probablement circulé chez les chauves-souris Rhinolophus de Chine, avant le passage possible à un hôte intermédiaire, puis à l’homme. Mais quel intermédiaire ? Le mystère reste entier. « Il faut regarder du côté des élevages, qui réunissent les meilleures conditions pour une contamination interespèces, poursuit Meriadeg Le Gouil. Dans les marchés, les animaux morts sont moins contagieux, car ils n’ont plus d’interaction avec les autres espèces. »

En 2016, les élevages porcins chinois ont été décimés par un autre coronavirus, le SADS-CoV. Celui-ci n’a pas été transmis à l’homme, mais des travaux publiés par l’Académie des sciences des États-Unis (PNAS) affirment qu’une contamination est possible. Si le porc reste hors de cause dans l’épidémie de Covid-19, la proximité de fermes géantes avec la faune sauvage ne fait qu’augmenter le risque de telles épidémies. On peut imaginer que des porcs, ou d’autres animaux entassés dans un élevage, se nourrissent des cadavres de chauves-souris tombés au sol. Ou que, plus simplement, ils ingurgitent des aliments contaminés par les déjections des mammifères volants. Ces animaux sont ensuite vendus au marché de Wuhan, et sans doute ailleurs. Un tel schéma expliquerait les premières contaminations hors du marché.

Mais un autre suspect semble désormais tenir la corde. Au cours des cinq années précédant l’émergence du SARS-CoV en 2002, les élevages de civettes ont été multipliés par cinquante. Ces animaux sont prisés pour leurs… excréments, dans lesquels on récupère des grains non digérés, mais naturellement fermentés, de kopi luwak, le café le plus cher du monde. Les civettes sont capturées en milieu sauvage et entassées dans des fermes, où elles sont nourries de grains de café, afin de produire en quantité ce mélange. Cette exploitation de masse a favorisé la naissance d’un variant de coronavirus, présent uniquement chez les civettes élevées par l’homme. Ce variant a ensuite été transmis à l’homme et a été responsable de l’épidémie de SARS-CoV. La Chine a fini par interdire l’élevage de quarante-cinq espèces d’animaux sauvages en 2020, mais sa décision a sans doute trop tardé. Les mutations découvertes dans les élevages de visons au Danemark et un peu partout en Europe confirment d’ailleurs l’hypothèse d’une reproduction plus forte dans les élevages. Les fermes d’élevage pourraient être non seulement le point d’origine du virus en Chine, mais également des tremplins un peu partout dans le monde.

Hélas, la Chine n’a livré aucune donnée sur l’élevage dans le pays au début de l’épidémie, regrette Meriadeg Le Gouil. Impossible de vérifier cette hypothèse. Or, la question est d’autant plus importante qu’un virus peut circuler très longtemps chez un hôte intermédiaire avant de s’attaquer à l’homme. Le MERS-CoV était déjà présent chez les dromadaires dans les années 1960, soit un demi-siècle avant de contaminer les hommes. Dans un article de la revue Nature, Maciej Boni, professeur de biologie dans le département des maladies infectieuses de l’université de Pennsylvanie (États-Unis), explique, simulations informatiques à l’appui, que le SARS-CoV-2 aurait « couvé » pendant plusieurs décennies dans les populations de chauves-souris.

L’intensification de la collecte d’échantillons chez des espèces sauvages et domestiques, permettant l’éventuelle découverte de virus animaux présentant une très forte similarité avec le SARS-CoV-2, demeure une condition sine qua non pour remonter la genèse du Covid-19.

1. Pour des raisons liées à son alimentation, à sa santé et à son comportement, le pangolin est un des seuls mammifères quasiment impossibles à élever en captivité.

2. L’analyse détaillée de la composition de l’ARN du virus.