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LES PROPRIÉTÉS EXTRAORDINAIRES
DU MICROBIOTE INTESTINAL.

Des actions sur le microbiote pourraient-elles enrayer l’épidémie de diabète et d’obésité et réduire l’inflation des maladies cardiovasculaires ? Permettraient-elles de prévenir et mieux traiter la dépression, des maladies neurologiques dégénératives comme la maladie d’Alzheimer ou la maladie de Parkinson et de nombreuses maladies auto-immunes, voire même d’améliorer les performances des traitements médicamenteux du cancer ?

C’est tout le sujet de ce livre choc et incroyablement vulgarisé. En revenant sur la composition et l’équilibre du microbiote intestinal et sur les maladies humaines chroniques qui lui sont liées, cet ouvrage montre comment les progrès rapides de nos connaissances et les recherches en cours sur le microbiote devraient changer radicalement les perspectives thérapeutiques de nombreuses maladies et jouer un rôle clé dans...

Pr PATRICK HILLON

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Éditions Eyrolles
61, bd Saint-Germain
75240 Paris Cedex 05
www.editions-eyrolles.com...

Je dédie ce livre,

à ma famille avec tout mon amour, à ceux que...

INTRODUCTION

Il y a 4,5 milliards d’années, une masse de poussière devenue rocher augmentait de taille sous le bombardement incessant de météorites et de comètes. Dans ce fracas, la température avait dépassé le seuil de fusion des roches, et des torrents de lave sillonnaient la surface du bloc de pierre qui n’était pas encore notre Terre. L’eau apportée par les comètes se vaporisait instantanément en d’épaisses nuées éteignant la lumière d’un soleil encore très pâle. Deux cents millions d’années seront nécessaires pour que la baisse de température permette aux nuées de déverser leurs pluies. Le déluge va durer plusieurs millions d’années et fera du rocher incandescent une planète bleue.

Des centaines de millions d’années plus tard, les conditions étaient toujours infernales : l’atmosphère de gaz carbonique contenait de nombreuses substances toxiques, les océans étaient acides et corrosifs, le soleil voilé laissait la Terre dans une semi-obscurité. Et pourtant, c’est dans cet enfer que sont nées il y a 3,8 milliards d’années les premières formes de vie sous la forme d’êtres microscopiques unicellulaires, les archées et les premières bactéries, dont les descendants peuplent toujours notre Terre et notre intestin. Les archées1 étaient capables de vivre dans des conditions extrêmes, au fond des océans, dans le noir et à proximité des cheminées déversant leurs acides brûlants ; à la même période, les premières bactéries se regroupaient en colonies flottant à la surface de l’eau en longs filaments évoquant des algues bleues. Il s’agissait de cyanobactéries2. Toujours présentes sur la Terre, dans les eaux stagnantes, elles sont à l’origine de la plus grande révolution écologique de notre planète. Les premiers membres de cette famille contenaient en effet des grains de chlorophylle leur permettant d’utiliser l’énergie solaire pour séparer le carbone de l’oxygène présents dans l’atmosphère sous forme de dioxyde de carbone plus connu sous le nom de gaz carbonique. Les cyanobactéries se servaient du carbone ainsi extrait pour construire des massifs rocheux calcaires, les stromatolithes, que l’on trouve essentiellement sous forme fossile mais qui restent actifs sur quelques sites dans le monde. L’oxygène était libéré dans l’atmosphère. Quelque 1,6 milliard d’années après leur apparition sur la Terre, l’accumulation de calcaire et la production d’oxygène par les cyanobactéries avaient conduit à la désacidification des océans et à l’enrichissement en oxygène de notre atmosphère jusqu’à sa composition actuelle, très favorable à l’émergence de formes de vie complexes. Si le service rendu à la diversité de la vie par les cyanobactéries est immense, il faut toutefois s’en méfier car certaines d’entre elles sécrètent des neurotoxines dangereuses pour les poissons et les êtres humains.

Pendant 3 milliards d’années, les êtres microscopiques unicellulaires se sont diversifiés et ont proliféré dans un monde qu’ils contribuaient à façonner à leurs besoins. Nous utiliserons indifféremment dans cet ouvrage les termes de microbes ou de micro-organismes pour désigner l’ensemble de ces êtres microscopiques. C’est seulement il y a 700 millions d’années que les premiers êtres complexes inventés par la vie, des vers et des...

PARTIE 1

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1. L’IRRUPTION DU NOUVEAU-NÉ DANS UN MONDE INVISIBLE, ÉTRANGE ET INQUIÉTANT

LA NAISSANCE EST UNE IMMERSION DANS UN MONDE « GROUILLANT » DE MICRO-ORGANISMES

Cela se passait si bien dans cette grande bulle chaude et rassurante ! Puis l’espace a commencé à se réduire, et, à l’instant, le liquide a brutalement disparu. Le petit être est comprimé par de violentes secousses qui le poussent vers un monde nouveau. Dans quelques minutes, dans quelques heures, il sera nouveau-né dans un univers froid et dangereux. En naissant au monde, à ses beautés et ses dangers, il quittera un milieu très protecteur qui n’est déjà pas tout à fait stérile. De nombreux arguments suggèrent en effet que des bactéries sont déjà présentes pendant la grossesse dans le liquide amniotique, le placenta, le cordon ombilical et le méconium (premier contenu de...

2. UN MICROBIOTE INTESTINAL RICHE ET VARIÉ EST UNE ASSURANCE SANTÉ POUR LA VIE

Le microbiote sélectionné par l’enfant lui sera très personnel, unique, comme ses empreintes digitales.

LE RÔLE PROTECTEUR ESSENTIEL DE LA MÈRE DANS LES PREMIÈRES SEMAINES DE VIE

À la naissance, le tube digestif est dépourvu de microbes et ses défenses immunitaires ne sont pas très opérationnelles. Une relation va s’établir progressivement entre le microbiote et son hôte, bénéficiant aux deux parties. Les microbes trouvent dans le tube digestif un environnement très favorable, chaud et riche en nutriments leur permettant de s’établir durablement et de consolider leurs écosystèmes. De son côté, l’organisme de l’enfant bénéficie, par la présence de ces microbes, d’une énorme usine chimique capable de s’adapter rapidement aux changements d’alimentation, et lui permettant de tirer des aliments ingérés le maximum d’énergie, de nutriments et de vitamines.

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3. L’ALIMENTATION EST UN FACTEUR CLÉ DE LA COMPOSITION DU MICROBIOTE INTESTINAL

Les aliments que nous ingérons sont déstructurés dans la bouche, malaxés dans l’estomac, puis digérés dans la partie initiale de l’intestin grêle sous l’action des enzymes sécrétées par le pancréas et enfin absorbés tout a long de l’intestin grêle. Les restes du repas arrivent dans le côlon où le microbiote va compléter la digestion de tous les résidus dont se nourrissent les microbes. En particulier les fibres, résistantes à la digestion, sont dégradées par une fermentation qui produit de multiples substances aux propriétés diverses, importantes pour de nombreuses fonctions de notre organisme, nous le verrons plus loin.

Notre alimentation va moduler le microbiote intestinal en favorisant la croissance des germes se nourrissant du contenu de nos assiettes et de leurs résidus non digérés. Les changements de régime, même sur une courte période de quelques jours, ont un impact très rapide sur la composition du microbiote intestinal. Le retour à l’état antérieur est également très rapide avec le retour au régime initial, ce...

4. LE MICROBIOTE INTESTINAL CONTRIBUE À LA QUALITÉ DE NOS FONCTIONS VITALES

La vie serait sans doute possible dans un monde sans microbes1, mais au prix d’une réduction marquée des fonctions physiologiques fondamentales assurant la croissance et la survie des êtres vivants.

LE DIALOGUE ENTRE LE MICROBIOTE INTESTINAL ET NOTRE CERVEAU

Malgré le film de mucus qui éloigne les micro-organismes de notre barrière intestinale, les échanges ne sont pas coupés entre les deux mondes et en particulier entre l’intestin et le cerveau au travers de ce que l’on appelle « l’axe intestin-cerveau2...

PARTIE 2

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5. LES DYSBIOSES

Les dysbioses sont des modifications de la composition du microbiote intestinal, responsables de dysfonctionnements de notre organisme. Elles surviennent parfois brutalement après destruction massive du microbiote. Le plus souvent, elles résultent de changements progressifs de sa composition, sous l’effet en particulier de déséquilibres alimentaires.

LES CONSÉQUENCES DES DYSBIOSES

L’équilibre entre les différentes familles de bactéries et de levures de notre microbiote intestinal est le fruit d’interactions complexes entre notre patrimoine génétique, des facteurs d’environnement essentiellement nutritionnels, et la capacité des familles de micro-organismes à se réguler entre elles. La composition d’un microbiote doit être optimale pour assurer notre équilibre énergétique. La dysbiose est une modification de la composition du microbiote au détriment de bactéries bénéfiques qui, en disparaissant, libèrent un espace rapidement comblé par des bactéries neutres, voire dangereuses. Ces nouvelles colonies, en proliférant, peuvent à leur tour réduire la croissance d’autres bactéries utiles, initiant des réactions en chaîne dangereuses.

Lorsqu’elles s’accompagnent d’une réduction des colonies de bactéries renforçant la barrière intestinale, les dysbioses induisent une perméabilité anormale de l’intestin favorisant la translocation bactérienne.

Les dysbioses provoquant une baisse des bactéries impliquées dans la digestion des fibres peuvent diminuer la production d’acides gras à chaîne courte. Le rôle régulateur de ces acides gras...

6. LE TRAITEMENT D’UNE DYSBIOSE INTESTINALE

Après avoir pris connaissance des événements à l’origine de dysbiose et de leurs conséquences sur l’organisme humain, il nous faut envisager les moyens dont nous disposons pour corriger les altérations de la flore intestinale et évaluer leur efficacité.

L’identification et la correction d’erreurs alimentaires, souvent efficaces mais pas toujours bien acceptées, sont logiquement le premier moyen thérapeutique à considérer devant une pathologie induite par une dysbiose intestinale. Les mesures diététiques doivent être associées à des mesures d’hygiène de vie, en particulier une activité physique suffisante.

Parmi les moyens non diététiques, l’apport de bactéries bénéfiques (probiotiques), l’apport d’une substance nutritive favorisant la croissance de ces bactéries (prébiotique) ou l’association des deux (symbiotiques) sont les moyens les plus simples à mettre en œuvre. On conçoit toutefois que la dysbiose puisse récidiver si ce qui l’a provoquée, une erreur diététique par exemple, n’est pas corrigé.

Les antibiotiques peuvent également être actifs sur certaines dysbioses caractérisées par la prolifération de bactéries délétères.

Enfin, la greffe de microbiote intestinal (ou greffe fécale) est le moyen le plus radical de corriger une dysbiose. Elle pose des problèmes de choix du donneur, et d’efficacité à long terme. Cette limite dans le temps peut être liée aux caractéristiques génétiques du receveur qui contribuent à la sélection de la flore définitive, ou à la persistance des causes de la dysbiose.

IL Y A LA VÉRITÉ, LE MENSONGE ET LES STATISTIQUES !

Les chercheurs connaissent bien cet adage, plus nuancé que celui émis par Mark Twain, « Il y a trois types de mensonges : les mensonges, les sacrés mensonges et les statistiques ». Les statistiques sont un domaine effectivement très complexe, nécessitant une grande expertise et une neutralité absolue des chercheurs qui en sont chargés. De plus, la qualité de la base de données sur laquelle travaillent les statisticiens est fondamentale. On comprend aisément qu’un biostatisticien très compétent travaillant sur une base contenant un grand nombre de données fausses ne pourra aboutir qu’à des conclusions erronées.

Établir la responsabilité d’une dysbiose dans l’apparition d’une maladie et affirmer qu’un traitement destiné à corriger cette dysbiose est efficace nécessite des méthodes rigoureuses et différentes.

Démontrer une relation de cause à effet entre deux événements

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7. DÉPRESSION ET DYSBIOSE INTESTINALE

En France, la dépression touche 1 personne sur 5 au cours de sa vie.

QU’APPELLE-T-ON UNE DÉPRESSION ?

La dépression est un trouble mental associant une tristesse, une perte de l’estime de soi, une douleur morale, une perte d’intérêt et de plaisir pour les activités habituelles, et des difficultés de concentration et de mémorisation. À ces symptômes s’associent souvent des troubles du sommeil et de l’appétit, et une fatigue. Le risque de suicide est majeur. La dépression, qui survient souvent entre 20 et 55 ans, est deux fois plus fréquente chez les femmes que chez les hommes. Elle atteint un peu plus de 4 % de la population mondiale avec de grandes disparités géographiques : la dépression est 5 à...

8. OBÉSITÉ, SYNDROME MÉTABOLIQUE ET DYSBIOSE INTESTINALE

Médicalement, l’obésité se définit comme un excès de masse grasse entraînant des conséquences néfastes pour la santé susceptibles de réduire l’espérance de vie (https://www.inserm.fr/information-en-sante/dossiers-information/obesite).

L’INDICE DE MASSE CORPORELLE

Le poids, s’il ne tient pas compte de la taille, ne permet pas bien sûr de déterminer si la corpulence d’une personne est...

9. DYSBIOSE INTESTINALE ET MALADIES GRAISSEUSES DU FOIE

On appelle « maladies graisseuses du foie » les maladies caractérisées par une surcharge en graisse des cellules du foie, les hépatocytes. Désignées par les spécialistes sous le terme de « stéatose » ou de « maladies stéatosiques du foie », elles correspondent à l’accumulation dans les hépatocytes de triglycérides qui sont, comme nous l’avons vu, la forme de stockage des acides gras. Les causes de maladies graisseuses du foie sont multiples mais très largement dominées par 2 affections : le surpoids et la consommation excessive de boissons alcoolisées. Les maladies stéatosiques sont actuellement les plus fréquentes des maladies du foie dans le monde.

FAISONS CONNAISSANCE AVEC LE FOIE !

Le foie est notre complexe chimique personnel

Les fonctions du foie sont multiples et vitales :

Éliminer dans la bile ou dans nos urines, après les avoir traités, tous nos déchets chimiques, dont les médicaments. Le foie est le seul organe capable d’éliminer le cholestérol.

Fabriquer de multiples substances indispensables à notre survie comme les protéines sanguines : albumine, protéines nécessaires à la coagulation du sang par exemple.

Stocker et restituer l’énergie dont notre organisme a besoin. Le foie stocke dans les hépatocytes les sucres apportés par l’alimentation sous forme de glycogène. Il nous les restitue à la demande sous forme de glucose immédiatement utilisable par nos muscles. Lorsque les stocks de glycogène sont épuisés, l’usine se met en marche pour en fabriquer à partir des acides aminés apportés par les protéines. Enfin, les graisses sont stockées dans le foie sous forme de triglycérides qui libèrent leurs acides gras très énergétiques pour faire face aux besoins.

Stocker de nombreuses...

10. DYSBIOSE INTESTINALE ET CANCER

Dysbiose et risque de cancer

Dysbiose et traitement du cancer

QU’EST-CE QU’UN CANCER ?

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11. DYSBIOSE INTESTINALE ET SYNDROME DE L’INTESTIN IRRITABLE

QU’APPELLE-T-ON « INTESTIN IRRITABLE » ?

Également désigné sous les termes de...

13. LES MALADIES DÉGÉNÉRATIVES NEUROLOGIQUES

La maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson

DYSBIOSE ET SYSTÈME NERVEUX CENTRAL

L’axe intestin-système nerveux central est un des nombreux axes reliant le...

PARTIE 3

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REMERCIEMENTS

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