Ce livre est dédié à mon épouse,
Natacha, et à mes enfants, Magali,
Sacha et Lola.

ISBN 978-2-71-540475-5

Dépôt légal – 1re édition : 1999, septembre

© Presses Universitaires de France, 1999

108, boulevard Saint-Germain, 75006 Paris

Ce document numérique a été réalisé par Nord Compo.

Introduction

L’objectif de cet ouvrage est d’expliquer que le risque infectieux est inhérent à la vie et, que l’apparition des nouvelles maladies infectieuses est permanente. Les organismes vivants s’associent et entrent en conflit pour se multiplier et transmettre leurs gènes. Cette lutte pour la vie est le sens même de leur existence. Se nourrir, se multiplier, sont des objectifs que poursuivent l’ensemble des êtres vivants, les hommes, les animaux qui les entourent, les plantes et les micro-organismes. La seule manière d’éviter les désastres infectieux est de conserver en permanence cette idée à l’esprit. La plupart des modifications que nous avons fait subir à notre environnement nous ont été favorables, ne serait-ce qu’en termes de longévité dont l’allongement est dû à la régression de la mortalité par maladie infectieuse. Ces progrès ont d’abord été obtenus par l’amélioration des conditions d’hygiène et par des modifications de comportement, dont la réduction de la promiscuité dans l’habitat, le drainage des eaux usées, le contrôle de la qualité des eaux de boisson, et des aliments et l’hygiène corporelle. Toute modification de notre mode de vie, toute nouvelle technique doivent pouvoir être examinées sous l’angle des nouveaux risques infectieux qu’elles sont susceptibles de faire courir. Certains risques pourront ainsi être évités, d’autres resteront imprévisibles car liés à la stratégie d’adaptation des micro-organismes et à la diversité de notre écosystème. Le potentiel évolutif des micro-organismes est quasiment infini, la plasticité de leurs gènes leur permet de trouver des solutions pour survivre dans toutes les conditions. Une stratégie efficace dans l’une des régions de la planète mise au point par un germe peut rapidement, du fait de la fréquence actuelle des contacts et des voyages, être transmise d’un bout à l’autre du monde, atteindre et décimer la population mondiale. Réduire le risque, voire l’éviter, consiste à détecter et à identifier rapidement les nouvelles pathologies, de manière à pouvoir lutter contre leur diffusion souvent fondée sur l’isolement du malade. Au sein des systèmes de santé publique, l’identification des nouvelles maladies et des nouveaux micro-organismes peut être améliorée par la création de centres spécialisés répartis sur le monde et mis en réseau.

Au cours des trente dernières années, l’homme a cru s’être débarrassé des maladies infectieuses et la recherche s’est orientée vers des domaines plus spéculatifs, une grande partie de la communauté médicale scientifique s’est détournée de la compréhension même des mécanismes infectieux. La conséquence en a été une augmentation réelle du risque infectieux en partie liée à la perte de comportements prudents en matière d’hygiène. Le personnel soignant, dans les hôpitaux français, ne se désinfecte plus les mains entre l’examen de deux malades infectés et le niveau de connaissances dans le domaine des maladies infectieuses, est tombé à un niveau inacceptable. Apparemment, les pouvoirs publics ont pris conscience de ce problème et toute une série d’indices permettent de penser qu’il est pris en compte. Il y a dix ans, aucune institution ne finançait le développement de la recherche sur les maladies infectieuses. L’INSERM, en charge de la recherche médicale, n’avait aucune de ses commissions spécialisées dans les maladies infectieuses. L’Institut Pasteur s’était délibérément tourné vers la recherche fondamentale et la microbiologie médicale n’y avait que peu de place. Ce n’est d’ailleurs pas un laboratoire phare de l’Institut Pasteur qui lui a donné un nouveau lustre, mais celui du Pr Montagnier qui était un laboratoire peu soutenu et qui se situait en marge de la stratégie générale de l’établissement. Apparemment, l’évidence s’est imposée, et une démarche plus volontariste s’affirme aujourd’hui dans le soutien et le financement de la recherche sur les maladies infectieuses. Il est clair que dans l’histoire de l’homme, le risque infectieux a toujours été l’objet d’une lutte de la société entière. C’est elle qui doit demander, exiger, faire financer la recherche dans un domaine où les risques sont aussi considérables. Des appels majeurs au financement volontaire pour la lutte contre les myopathies et les maladies génétiques, la lutte contre le cancer existent, mais la seule infection qui ait fait l’objet d’aides spécifiques est le SIDA. La société, sans crainte excessive, mais sans naïveté, doit considérer le risque infectieux comme un risque majeur pour l’humanité, présente et à venir et s’y préparer activement : si vis pacem, para bellum (si tu veux la paix, prépare la guerre). Enfin, la piste infectieuse comporte aussi de grands espoirs, la lutte contre le cancer, la prévention et le traitement de l’athérosclérose, du diabète, de l’asthme, voire de certaines obésités, seront peut-être profondément modifiés par les hypothèses infectieuses actuelles de ces maladies.

L’évolutionnisme

La conception actuelle des maladies infectieuses a été profondément bouleversée par l’application des théories de l’évolutionnisme darwinien et par la compréhension des systèmes complexes que sont les écosystèmes. Dans les théories évolutionnistes, les micro-organismes ont, comme tous les êtres vivants, la fonction de transférer leurs gènes avec le maximum d’efficacité, ce qui signifie que la multiplication est leur finalité essentielle et s’apparente alors à une véritable stratégie. Une maladie infectieuse est le résultat d’un conflit entre un micro-organisme et un être humain. Les choix les plus efficaces ont été sélectionnés au cours du temps et les changements écologiques donnent régulièrement de nouvelles opportunités aux êtres vivants de développer de nouvelles adaptations. L’homme a été au cœur d’un grand nombre de bouleversements écologiques et, de ce fait, a joué un rôle important dans l’apparition de nouveaux êtres vivants, y compris les micro-organismes. Toute modification de l’environnement, toute variation du comportement des êtres humains, tout changement d’habitudes, est susceptible de générer un nouveau type d’infections ou d’exposer l’homme à un nouveau risque infectieux car les maladies infectieuses résultent d’un combat entre êtres vivants dont les ressources stratégiques sont illimitées et leur lutte pour transmettre, de la manière la plus efficace, leurs gènes à leur descendance, ne cessera pas.

Importance actuelle des maladies infectieuses

Les maladies infectieuses bénéficient d’un regain d’intérêt lié à la découverte de nouvelles infections ou de micro-organismes pathogènes. La communauté médicale et scientifique a en effet pris conscience, assez récemment, du fait que ces maladies infectieuses restent un des problèmes fondamentaux de l’humanité en provoquant plus de 17 millions, soit un tiers de morts par an.

En effet, d’après l’OMS, parmi les 30 premières causes de mortalité dans le monde en juin 1996, les infections respiratoires basses sont à la troisième place, les diarrhées à la quatrième, la tuberculose à la septième, la rougeole à la huitième, le paludisme à la onzième, le tétanos à la douzième, la coqueluche à la vingt-septième, le rhumatisme articulaire aigu à la vingt-huitième et le SIDA à la trentième. Ceci témoigne que dans les pays à faible niveau de développement économique, les maladies infectieuses restent la première cause de mortalité et révèle aussi qu’elles augmentent aussi dans les pays développés. C’est ainsi qu’aux États-Unis, depuis une dizaine d’années, la mort par maladie infectieuse n’a cessé d’augmenter, les maladies les plus souvent en cause étant les infections respiratoires, les septicémies, les infections urinaires et, bien entendu, le SIDA. Ceci se note chez les patients fragilisés par l’âge ou par les maladies intercurrentes. Rendus vulnérables par l’âge et les autres maladies, les humains constituent des cibles de choix pour les microbes et l’hôpital est devenu, dans les pays modernes, la source d’une grande partie des infections sévères.

Définition des maladies infectieuses émergentes

Les maladies infectieuses sont dynamiques, de nouvelles infections continueront à apparaître demain, peut-être à une vitesse croissante. Les maladies connues changeront de localisation géographique, de fréquence et de sévérité. Nombre de nouvelles maladies ne seront pas déterminées par des pathogènes nouveaux, mais par des micro-organismes anciens qui ont été mis en contact récemment avec l’homme. Les conditions climatiques, économiques, sociales et politiques jouent ainsi un rôle majeur dans l’apparition de ces maladies.

Les hommes et les germes se rencontrent de différentes manières et tout d’abord, de façon purement fortuite, accidentelle. L’homme peut alors contracter une maladie, mais le micro-organisme n’en tirera, la plupart du temps, aucun bénéfice : c’est une impasse parasitaire. En effet, le micro-organisme peut déclencher une maladie en se multipliant, et les conséquences de cette multiplication pour l’hôte peuvent être sévères, éventuellement mortelles. Toutefois, si celui-ci n’a pas trouvé le moyen de diffuser ses descendants à d’autres hôtes, sa stratégie se sera révélée totalement inefficace et il disparaîtra avec la maladie. Un certain nombre de ces pathologies accidentelles peuvent cependant être extrêmement répandues, lorsque les germes en cause sont fréquents.

Dans un certain nombre de cas, ils sont susceptibles de trouver une manière de se transmettre d’humain à humain, soit en étant excrétés, et tout ce qui « sortira » de l’homme, salive, sécrétions génitales, excréments, urines, permettra de contaminer d’autres humains, soit par des vecteurs extérieurs, des insectes piqueurs, voire plus récemment par les aiguilles et les seringues, moyen moderne de transmission des pathogènes. Certains micro-organismes iront plus loin dans la spécialisation et intégreront l’homme dans leur cycle. Quelques-uns feront même de l’homme leur hôte et leur réservoir alimentaire spécifique. Cette stratégie n’a pu se développer que progressivement, au fur et à mesure que l’homme se multipliait à la surface de la terre.

Ces dernières années, la description de plus en plus fréquente de nouvelles maladies infectieuses a justifié la création d’un concept nouveau, celui de maladies émergentes qui recouvrent trois grandes catégories de pathologies :

— Certaines sont anciennes et ont été nouvellement identifiées grâce à l’utilisation de nouveaux outils biologiques, soit ayant fait l’objet de conceptualisations originales.

— D’autres répondent à des risques nouveaux de rencontre en rapport avec des modifications de nos comportements. Ceux-ci peuvent être de nature alimentaire, liés aux nouvelles technologies (en particulier à l’ensemble des moyens de pénétrer la peau, qui constitue la barrière naturelle la plus efficace contre les infections) ou aux déplacements, à la campagne, dans les pays étrangers, qui nous exposent à des maladies rares jusqu’alors.

— Enfin, des micro-organismes nouveaux, éventuellement spécialisés dans l’homme, vont apparaître. Ceci témoigne surtout du génie propre aux êtres vivants qui leur permet de définir, par tâtonnement, une stratégie rendant possible une multiplication spectaculaire avant que l’homme n’ait trouvé les moyens de lutte suffisamment efficaces pour tempérer ou empêcher cette multiplication.

Histoire naturelle de l’infection

Un micro-organisme, pour déclencher une maladie chez l’homme, doit franchir plusieurs étapes. La première est l’entrée qui peut se faire par les voies naturelles constituées par les muqueuses des orifices. La première est la voie respiratoire, et nombre de maladies infectieuses sont transmises par cette voie, par aérosol, en suspension dans l’air que nous aspirons, c’est le mécanisme de contamination interhumain le plus efficace et le plus dangereux, la contagiosité maximale s’opère ainsi, comme dans le cas de la grippe, de la tuberculose, et les plus grandes épidémies mondiales ont résulté de ce mode de transmission. Les infections virales respiratoires sont certainement les plus redoutables comme forme d’épidémie incontrôlable. La deuxième voie est digestive, c’est par elle que s’effectue la contamination par l’eau, d’autres liquides et les aliments. C’est le mode de contamination le plus fréquent dans les pays en voie de développement du fait de la qualité hygiénique médiocre des aliments et de l’eau. La troisième voie est génitale, les rapports sexuels étant à l’origine de nombreuses maladies infectieuses. La peau constitue une meilleure protection contre les maladies infectieuses que les muqueuses dans la mesure où elle est naturellement quasi imperméable, quand elle est saine, mais peut être transpercée, ce qui permet l’accès aux vaisseaux et la transmission d’un certain nombre de maladies. Tel est le cas des plaies, des piqûres d’insectes ou de tiques, à l’occasion des actes médico-chirurgicaux et chez les toxicomanes par les aiguilles.

Le micro-organisme doit ensuite résister aux défenses de l’organisme qui, efficaces, permettent d’en tuer la majorité, certains résistent parce qu’ils sont devenus des germes spécifiques de l’homme et disposent de techniques de contournement efficaces, ou parce qu’ils sont adaptés à une situation proche. Cette capacité est d’autant plus efficace que le micro-organisme parasite un être vivant proche. Ainsi, ce sont d’abord les mammifères qui sélectionnent des germes capables de nous infecter. Ceux infectant des êtres plus distants auront moins de succès. Il existe des exceptions comme dans le cas de ceux des tiques et des amibes. Ce dernier exemple est particulièrement intéressant et certains auteurs considèrent que l’amibe est le cheval de Troie des micro-organismes pour pénétrer chez l’homme. En effet, ce sont des cellules qui ont une grande capacité de destruction microbienne et les bactéries constituent une base de leur alimentation. Les microbes qui ont réussi à leur résister disposent d’une capacité importante à se dérober au mécanisme de destruction. Quand ils rencontrent, par hasard, l’homme, ces microbes sont capables de résister aux cellules dont la mission naturelle est de détruire car celles-ci utilisent des moyens proches de ceux des amibes. En ce sens, on peut dire que les amibes, dans l’environnement naturel, sélectionnent des micro-organismes qui deviennent capables de nous infecter.

Enfin, le micro-organisme va se disséminer à l’intérieur du corps et pourra ainsi déclencher une maladie. Son potentiel d’infection va dépendre de sa capacité à sortir ou à trouver un moyen d’être transmis à un autre organisme vivant. Ceci peut se faire par les muqueuses respiratoires, à l’occasion de la toux ou de l’éternuement, par voie digestive, par les matières fécales, par les urines qui peuvent contaminer l’eau de boisson. La diffusion peut s’opérer par l’intermédiaire des éruptions cutanées, les boutons de certaines maladies infectieuses peuvent être contagieux, comme dans la varicelle ou la variole. La muqueuse génitale peut être la source d’une contamination ultérieure. Parmi les autres vecteurs figurent les insectes piqueurs et les aiguilles qui vont prélever dans le sang les micro-organismes et les transmettre.

L’équilibre hôte-parasite

Pour qu’un micro-organisme s’adapte, en particulier à l’homme, il doit pouvoir trouver un équilibre avec son hôte, lui permettant de se multiplier en « mangeant », sans le tuer trop rapidement car le détruire trop vite l’empêcherait à terme de l’exploiter. Il existe deux stratégies extrêmes : une stratégie de virulence maximale, dans laquelle le micro-organisme, une fois entré, se multiplie rapidement, rendant l’hôte gravement malade en produisant un nombre de copies si important qu’au moins une partie d’entre eux seront susceptibles d’entrer en contact avec un nouvel hôte et de l’infecter. L’hôte pourra être gravement malade, voire mourir au terme d’une durée très brève d’infection, mais une multiplication intense des micro-organismes sera intervenue. Ce type de maladie existe, c’est le cas par exemple de la variole ou de certaines formes gravissimes de grippe. On ne sait pas quel est l’avenir de ces stratégies car nous ne disposons pas toujours du recul nécessaire, mais on observe souvent que le germe amoindrit ultérieurement sa vitesse de multiplication et sa capacité à rendre malade.

L’autre extrême est l’infection chronique dans laquelle le micro-organisme se multiplie beaucoup plus lentement en n’empêchant ni la survie, ni la fertilité de son hôte, de manière à le coloniser aussi longtemps que l’hôte vivra. La lèpre est un cas exemplaire car la maladie s’étale sur plusieurs dizaines d’années.

Pour qu’une maladie s’installe durablement, il faut que s’établisse un équilibre entre l’hôte et le micro-organisme. L’hôte ne doit pas être assez fort pour éradiquer le germe et s’en débarrasser de manière définitive. Ce dernier ne doit pas être trop fort et échapper totalement aux défenses de l’hôte, faute de quoi il le détruirait et cesserait ainsi de pouvoir se multiplier. On a pu observer fréquemment des maladies infectieuses où, après un départ extrêmement brutal dans une population donnée, la virulence de la maladie s’atténuait au fur et à mesure que le temps passait. L’exemple le plus remarquable le plus étudié ne concerne pas l’homme, mais le lapin avec la myxomatose. L’introduction de la myxomatose en Europe et en Australie a provoqué, dans un premier temps, une mortalité considérable chez les lapins, proche de 100 %. La multiplication du virus s’accompagnait d’une chute très brutale de la population de lapins qui s’avérait dangereuse pour le virus, car le lapin était son seul hôte et sa destruction devenait contre-sélectionnante. Les souches les plus adaptées à la survie du virus ont été sélectionnées et il s’agissait de celles qui tuaient moins rapidement les lapins. En deux ans, le virus ne décimait plus que 80 % d’une population et en quinze ans, 20 %. Toutefois, quinze ans représentent 30 générations de lapins, soit pour l’homme l’équivalent de mille ans, ce qui montre la limite de l’extrapolation d’un tel modèle. Chez l’homme, il semble qu’il y ait quelques exemples de ce type d’adaptation dont la syphilis, dans sa forme européenne. Elle représentait, au moment de son arrivée en Europe, lorsqu’elle fut décrite par Fracastor, une maladie gravissime, violente, extrêmement contagieuse, rapidement mortelle pour l’homme, au vu des descriptions dont on dispose et qui datent du XVIe siècle. Au XXe siècle, c’est devenu une maladie chronique, banale, anodine en apparence pour le malade et qui donne beaucoup plus de temps à la bactérie responsable pour se multiplier et se transmettre. Les décès liés à la syphilis interviennent après plusieurs dizaines d’années d’évolution durant lesquelles le malade a continué à être contagieux, ce qui est particulièrement efficace pour la transmission. De façon analogue, il apparaît que la rougeole, quand elle a été transmise aux Indiens d’Amérique, a exercé une action foudroyante, les populations n’étant absolument pas adaptées au virus de la rougeole. La mortalité était bien plus considérable que dans la population européenne, celle-ci étant probablement déjà sélectionnée ayant coévolué avec le virus.

Pour autant il n’y a pas de loi générale, car on voit souvent la virulence des micro-organismes s’exacerber lors de leur passage rapide d’homme à homme et à l’inverse, on peut voir disparaître cette virulence quand on parvient à multiplier cet organisme sur des hôtes différents. Cela a été la base de la vaccination pasteurienne et de l’utilisation du BCG. Dans ces stratégies vaccinales, il a été possible de favoriser la multiplication d’un micro-organisme pathogène dans des conditions qui s’éloignaient de celles de l’homme et qui, ainsi, ne permettaient plus de sélectionner les facteurs les plus virulents. Ainsi inoculé à l’homme, la forme vivante de ce micro-organisme se multipliait, permettait l’acquisition d’une immunité, mais n’était pas virulente. A l’inverse, il apparaît qu’au tout début d’une épidémie, la virulence du micro-organisme va en s’accélérant, ce qui veut dire que le nombre de germes nécessaires pour déclencher ou diffuser une maladie diminue, la rapidité avec laquelle le patient devient malade est de plus en plus grande et le délai entre la contamination et le début de la maladie est de plus en plus court. Ceci culmine à l’acmé de l’épidémie, puis rediminue. Le support génétique de ces phénomènes est mal connu.

Au total, il est important de retenir que les micro-organismes peuvent rarement adopter une stratégie totalement mortelle pour leur hôte, mais cherchent à obtenir un équilibre que les auteurs anglo-saxons appellent le fitness, entre leur hôte et eux-mêmes, de façon à bénéficier d’un environnement durable de multiplication. C’est en ce sens que les micro-organismes mènent des stratégies d’adaptation qui imposent des évolutions, voire des mutations. C’est pour cela que les théories évolutionnistes s’imposent aujourd’hui pour comprendre le phénomène des maladies infectieuses.

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